Oi,
Em primeiro lugar, o melhor produto Pix4D para processar grandes conjuntos de dados lineares é Pix4Dmatic. Se você estiver interessado, pode obter uma licença de teste aqui.
Processar este tipo de dados no Pix4Dmapper é mais problemático porque você precisaria processar cada voo separadamente.
Para cada projeto, você precisaria incluir GCPs. Esses GCPs devem ser colocados na área de sobreposição entre os projetos.
Além disso, esses GCPs devem ter o mesmo nome em cada projeto. Somente nesta questão, o software irá mesclá-los com precisão. Este procedimento você deve repetir da seguinte maneira.

Este procedimento fornece controle sobre a precisão. Se dois projetos não se fundem corretamente, você deve e mais MTPs na área de sobreposição.
Espero que ajude.