Hola Enrique,
Si se ha realizado una calibración radiométrica, los valores del mapa de reflectancia están entre 0 y 1. El ortomosaico tendrá un rango diferente.
Index-Values-what-do-they-mean-
Puede generar un mapa de índice de vegetación en ArcMap (con los mapas de reflectancia) y compararlos con el mapa de índice producido en Pix4D (puede usar la calculadora de índice).
Espero que esto ayude.
Saludos