Hola Sergio,
Procesar de forma rápida significa que el valor de escala de imagen es 0.25, es decir, el software no utiliza el tamaño de imagen original para generar los keypoints, sino un valor 4 veces mayor. Por tanto el número de keypoints y de matches es distinto y el resultado final también podría serlo. Dependiendo de como sea el terreno, en algunas ocasiones es bueno no utilizar el tamaño origial del pixel, por ejemplo en zonas con vegetación, o imágenes con poca textura (desiertos, zonas arenosas…). En este caso, como no hay ortofoto rápida en los informes, no sé como es el terreno.
Por otra parte, en los dos procesos el método de calibración utilizado fue distinto, “standard” en un caso y “alternative” en el otro.
Es decir, es normal que los resultados difieran un poco.
Si estás utilizando RTK y por tanto dispones de coordenadas precisas de las fotos, sería mas recomendable utilizar “Alternative”, pero ese método requiere un terreno relativamente llano y que las imágenes sean nadirales. Si no se cumplen estos requisitos, mejor utilizar estandard.
En ambos casos, el resultado en los puntos de chequeo no es nada malo.
Otras recomendaciones serían:
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Calcular una calibración precisa de la cámara y lanzar los procesos con la opción “All prior”
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El sistema de coordenadas de salida es POSGAR2007 / Argentina 5 (egm2008), por lo que si es posible, te recomendaría transformar las coordenadas WGS84 de las fotos a ese sistema antes de cargarlas en Pix4D. Los motivos están explicados en este post: Pix4D horizontal grid corrections and transformations
Un saludo.